Вторичната обработка отстранява разтворимите органични вещества, хранителните вещества, като азот и фосфор, и повечето от разтворените твърди вещества, които са пропуснати от първичната обработка. Най-често се използват биологични процеси, при които микробите преобразуват органичните съединения и хранителните вещества, за да растат и да се възпроизвеждат. Двата най-често срещани процеса на биологично вторична обработка са системите за прикрепен растеж и окачен растеж. Процесът на окачен растеж стимулира растежа на окачени флокули от отделни организми, които вече се намират в отпадъчните води и във върнатата активирана утайка. Флокулите съдържат организми, които могат да отстранят замърсяващите вещества чрез аеробни, аноксидни и анаеробни среди. След отстраняването на замърсителите флокулите се подават към вторичен процес на очистване, където се отделят от водата по гравитационен път. Част от утайката на дъното на вторичния утаител се връща обратно за смесване с първичната отпадъчна вода (върната активирана утайка) за създаване на смесена течност. Останалата част от утайката се отстранява от процеса на обработка (отпадъчна активирана утайка), за да се създаде идеалната среда за микроорганизмите. Системите за прикрепен растеж разчитат на прикрепването на микроорганизмите към даден материал и създаване на биологичен слой. Утайките от канализационните води се смесват със или се пръскат върху покрития с биологичен слой материал, където микроорганизмите отстраняват замърсяващите вещества. Както при процеса на окачения растеж фрагменти от биологичния слой и окачени флокули се подават към втори утаител за отделяне, където утайката се рециклира и се изхвърля, а чистата вода се изпуска за следващия процес.
За да функционира ефективно биологичната обработка, организмите се нуждаят от хранителни вещества в балансирано съотношение, включително въглерод, азот и фосфор (посочени като C:N:P), а също така и от микроелементи, като желязо, мед, цинк, никел, манган, калий, сяра и други компоненти, каквито обикновено има в отпадъчните води. Общоприетото съотношение C:N:P е 100:5:1, въпреки че някои съоръжения осъществяват прорастване извън това съотношение, докато при други се получава полизахаридна слуз или растеж на филаментозни бактерии, които блокират биологичните организми и се утаяват във вторичния утаител.
За извършване на вторичната обработка могат да се използват множество биологични процеси, включително аериране с пулсиращ поток, резервоари за цялостно аериране на сместа, последователно циклични реактори, аерационни канали, капкови биологични филтри, биореактори с подвижен слой, интегриран фиксиран слой от активирана утайка и др.
Отстраняването на биологичните хранителни вещества (Biological Nutrient Removal, BNR) променя средата на микроорганизмите за премахване на азота и фосфора от водата. Процесът на BNR се състои от анаеробен (без кислород или нитрат), аноксиден (без кислород, наличие на нитрат) и аеробен (наличие на кислород) етап, по време на които водата се движи през серия от камери, за да изпълнява различни биологични функции.
Могат да се използват процеси на химическа обработка, като например химическото отстраняване на фосфора. Чрез въвеждане на химически утаител и очистващи вещества в аериращия басейн фосфорът се отстранява чрез флокулация, като се свързва с неразтворими съединения, които се утаяват и могат да бъдат отстранени като утайка.